
Com mais de 50 tipos de orquídeas, bromélias e trepadeiras que, de abril a agosto, embelezam os cenários, enquanto os ipês florescem em setembro e as quaresmeiras no período da Semana Santa, a Chapada Diamantina fica florida durante o ano inteiro. A região possui também muitas plantas usadas para fins medicinais. Da fauna, as aves são os animais que mais chamam atenção na Chapada Diamantina, pois, além de serem bastante coloridas e emitirem sons chamativos, estão, em sua maioria, ativas durante o dia e muitas delas são fáceis de serem visualizadas. Foram registradas mais de 150 espécies de aves. Muitas destas ocorrem em várias outras regiões do Brasil, como as garças, anuns, bem-te-vis, beija-flores, papa-capins, enquanto outras espécies são típicas do nordeste brasileiro como o cardeal e o bico-virado-da-caatinga.

Nas áreas de mata, onde a vegetação é mais densa, é mais fácil detectar a presença das aves pelos seus sons do que vê-las diretamente. É o caso de aves como a surrucuá, alma-de-gato, japu, escarradeira, sanhaços e várias outras. Uma das espécies de aves mais característica e fácil de ser vista na caatinga da Chapada Diamantina é o periquito-vaqueiro ou suiá. Outra ave sempre presente é a picuí, uma pequena pombinha de coloração cinza claro, que sempre é vista aos pares no solo, procurando pequenas sementes para se alimentar.
Entre os animais encontrados na rica fauna da região estão: tamanduá bandeira, tatu canastra, mico, macaco prego, gato selvagem, capivara, quati, luís caixeiro (porco-espinho ou ouriço caixeiro), cutia, paca, onça-pintada, arara, curió e inúmeros tipos de répteis. As serras, em determinadas áreas, oferecem sustento a jaguatiricas, onças, mocós, veados, teiús e seriemas. Algumas espécies estão ameaçadas de extinção, principalmente devido à caça.
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